Kaji Ryōji ist der ehemalige Freund von Misato Katsuragi. Die beiden lebten während ihres Studiums zusammen, allerdings beendete Misato die Beziehung, weil sie in ihm ihren Vater wiedererkannte. Als Misato für NERV arbeitet, begegnen sie sich einige Male und haben sogar ein paar Dates. Kaji kommt mit dem gleichen Schiff nach Japan, auf dem auch Asuka Langley Sōryū und Evangelion Einheit 02 waren. In Japan angekommen begibt er sich zum NERV-Hauptquatier und übergibt Gendo Ikari einen Koffer, in dem sich der verpuppte Engel Adam befindet. Während Kaji offiziell für NERV arbeitet, spioniert er die Organisation gleichzeitig für SEELE aus.
Kaji ist der Betreuer von Asuka Langley, aber er unterstützt auch Shinji mit Rat und Tat.